Появились первые реальные данные о способности омикрона уходить от иммунитета. Увы, эта способность у него есть. И она выше, чем у его предшественников
Мы рассказываем честно не только про войну. Скачайте приложение.
Южноафриканские эпидемиологи получили первые данные о способности нового варианта коронавируса омикрон частично преодолевать естественный иммунитет к ковиду, который есть у переболевших. До сих пор — помимо чисто теоретического анализа многочисленных мутаций, приобретенных этим вариантом — надежных сведений на этот счет не было. «Медуза» рассказывает, что стало известно из этого исследования.
То, что новый вариант омикрон может быть способен уходить от иммунитета, приобретенного вакцинированными и переболевшими, до сих пор лишь предполагалось — на основе набора приобретенных вариантом мутаций.
Мутаций, во-первых, оказалось необычно много — более 50. Во-вторых, многие из них локализовались в области, важной для взаимодействия с нейтрализующими антителами — а именно, в RBD-домене S-белка. В-третьих, среди приобретенных омикроном мутаций были те, которые ранее прямо связывались с падением титра нейтрализующих антител у других разновидностей SARS-CoV-2 (1, 2). Однако более осязаемых — полевых или лабораторных — исследований возможности ухода от иммунитета для омикрона пока не было, ведь даже обнаружить его удалось лишь в прошлый вторник, 23 ноября.
Исследование сделано на основе анализа нескольких баз данных, содержащих результаты тестирования на коронавирус. Эти сведения собирались с начала пандемии разными медицинскими учреждениями ЮАР. Соединив разные базы, исследователям удалось сопоставить результаты тестов, которые в разное время проходили жители страны — и найти среди них события вероятных реинфекций. Повторной инфекцией в данном случае считался просто факт появления положительного результата теста спустя более чем 90 дней после предыдущего положительного результата (обычно методика определения повторной инфекции сложнее).
Задача ученых заключалась в том, чтобы на основе собранных данных установить, насколько изменился риск повторных инфекций в ходе разных волн заболеваемости. В ЮАР эти волны четко совпали с распространением нескольких новых вариантов:
- в первую, пришедшуюся на лето 2020 года, волну, доминировал исходный, «уханьский» SARS-CoV-2;
- во вторую, пик которой пришелся на январь 2021-го, превалировал вариант бета (ранее был известен как «южноафриканский»);
- в третью, начавшуюся в июне 2021-го, бета была вытеснена дельтой;
- наконец, в середине ноября в ЮАР началась новая вспышка заболеваемости, связанная с омикроном.
Поскольку известно, что вирусные частицы и варианта дельта, и тем более варианта бета хуже нейтрализуются антителами, выработанными при инфекции исходным уханьским штаммом (1,2,3,4,5), можно было ожидать увеличения риска реинфекций во вторую и третью волну заболеваемости. Чтобы проверить, так это или нет, и придумали исследование, результаты которого мы сейчас пересказываем: оно стартовало еще до того, как появились новости об омикроне.
Нужно сказать, что риск реинфекций, связанный с особенностями вируса, нельзя рассчитать просто на основе частоты таких событий, то есть количества найденных реинфекций за единицу времени. Это количество само по себе зависит от общей заболеваемости в данный период эпидемии. Поэтому, чтобы оценить это значение, ученые анализировали не частоту найденных повторных заражений, а сопоставляли соотношение первичных и вторичных инфекций в течение всей эпидемии.
Результаты анализа можно свести к двум пунктам:
- Несмотря на хорошо установленное падение связывающей силы антител против вирусов вариантов бета и — в меньшей степени — дельта, это падение никак не сказывалось на риске повторных инфекций — по крайней мере, в ЮАР. Иными словами, переболевшие уханьским штаммом повторно заболевали дельтой или бетой примерно с той же (или даже немного меньшей) вероятностью, чем тем же самым уханьским вариантом.
- Но вот в случае омикрона риск повторных инфекций вырос примерно вдвое относительно базового (пределы случайной ошибки 1,88-3,11).
Наглядно понять удвоение риска можно на таком примере
Предположим, в популяции имеется выборка в 1000 невакцинированных и не болевших ковидом человек, которые впервые столкнулись с вирусом в течение дня. Допустим, что заразились в результате такого столкновения 100 человек из этой тысячи.
Теперь, если мы возьмем точно такую же выборку в 1000 человек, но на этот раз все они будут переболевшими, можно ожидать, что повторно заразятся из них уже не 100, а 20 человек: защитная эффективность естественного иммунитета переболевших от повторного заражения составляет примерно 80%, что известно уже по нескольким крупным исследованиям (1, 2).
Удвоение риска повторных инфекций, обнаруженное в новой статье, говорит о том, что в случае варианта омикрон в точно такой же ситуации можно ожидать уже не 20, а 40 инфицированных. Это по-прежнему меньше, чем 100 заболевших среди полностью «иммунонаивных» людей, но, конечно, существенно больше, чем в случае вариантов дельта и бета.
Увеличение частоты повторных инфекций ведет в переболевшей популяции к повышенной скорости распространения вируса. Внешне, по скорости распространения в популяции, это может даже выглядеть как повышенная заразность. При этом дело, конечно, не в заразности самой по себе (о которой для омикрона мы пока ничего не знаем), а в том, что у такого уходящего от иммунитета вируса просто больше «потенциальная аудитория» для успешных инфекций (подробнее об этом, например, здесь).
Возможно, именно этим объясняется высокая скорость распространения инфекции в ЮАР, которая действительно наблюдается на фоне появления нового варианта. Так, в начале ноября ежедневно регистрировалось около 300 новых случаев заражения, а 2 декабря (последняя дата, на которую есть данные) зафиксировано 11 535 инфекций. При этом растет и доля положительных среди всех проводящихся тестов — а значит, в реальности рост инфицированных еще больше (см. график ниже).
Нужно подчеркнуть два аспекта нового исследования, которые очень важны для правильного понимания его выводов.
- Во-первых, в нем идет речь именно об инфекциях, которые определяются с помощью лабораторных тестов, а не о диагностированных заболеваниях. Не всякая инфекция приводит к заболеванию, вызывающему хоть какие-либо симптомы, и в этом отношении повторные инфекции могут сильно отличаться от первичных. Есть веские основания считать, что повторные инфекции проходят в среднем гораздо легче, чем первичные.
- Во-вторых, авторы никак не учитывали статус вакцинации людей — информации об этом просто не было в тех базах данных, с которыми они работали. Отличается ли риск повторной инфекции омикроном у людей, прошедших вакцинацию, и у ранее переболевших, мы пока не знаем. Эта разница может быть существенна, но чтобы ее установить, требуются дополнительные исследования.
(1) Откуда эта информация?
Эти мутации были установлены по результатам прочтения геномов вирусов из провинции Гуантен и других регионов ЮАР.
(2) Какие тесты?
Использовались и ПЦР-тесты и антигенные экспресс-тесты (тест-полоски).
(3) Attack rate
Доля заболевших среди контактных лиц, в данном случае равная 10%, называется attack rate. Это очень много — в реальности такая доля примерно соответствует вероятности заразится для очень тесных контактов внутри одно домохозяйства. В статье доля найденных реинфекций была существенно ниже — 35670 из 2,79 миллиона подтвержденных случаев ковида. Это, однако, только обнаруженные реинфекции — сколько повторных заражений было в реальности, мы не знаем.