Вижу (очень пугающие) новости (причем в огромном количестве) про новый штамм йота, который «вдвое летальнее других». Это действительно так?

Российские СМИ — от РИА Новости и ТАСС до районных медиа многих регионов страны — 11 августа сообщили, что в США появился новый штамм коронавируса, намного более опасный, чем все предыдущие варианты. 

Заголовки

• Ученые сообщили о почти вдвое повышающем летальность штамме коронавируса (РИА Новости)
• Йота-вариант коронавируса может распространяться до 25% лучше предыдущих штаммов (ТАСС)
• Американские ученые предупредили о штамме коронавируса с летальностью выше на 60% (Коммерсант)
• В Америке обнаружен новый, более опасный, штамм коронавируса (Кармаскалинская новь)
• На американском континенте выявлен еще более опасный штамм коронавируса и с очень высоким уровнем смертности (Кугарчинские вести)

Все СМИ ссылались на препринт статьи от 7 августа, написанный сотрудниками департамента здравоохранения Нью-Йорка и Школы общественного здравоохранения имени Мэйлмана Колумбийского университета. Статья описывает результаты моделирования распространения в Нью-Йорке варианта коронавируса йота. Данные для модели получены из наблюдений за зараженными в более чем 50 больницах Нью-Йорка.

И что, все правда так страшно?

Нет. Единственное, что является правдой: в архиве препринтов MedRxiv 7 августа действительно было опубликовано исследование американских ученых о варианте йота. Если его внимательно прочесть, станет ясно, что йота: 

• вариант далеко не новый;
• он не смог широко распространиться ни в одной стране и почти исчез в США;
• он не считается «угрожающим вариантом» вируса;
• его летальность среди пожилых людей, по данным авторов исследования, ниже, чем у варианта альфа (ранее его называли «британским»).

Что это вообще за штамм? 

Это группа из нескольких отличающихся друг от друга вариантов вируса, имеющих схожие мутации S-белка. Впервые один из таких вариантов вируса обнаружили в ноябре 2020 года в Нью-Йорке. В середине зимы он распространился в нескольких районах города и был включен Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) и американским Центром по контролю и профилактике заболеваний (CDC) в список «вариантов, представляющих интерес» (Variant of Interest, VOI). В этот список попадают варианты, не представляющие непосредственной угрозы для системы здравоохранения, но нуждающиеся в дополнительных исследованиях. После них вариант, теоретически, может «пойти на повышение» — попасть в список «вариантов, вызывающих обеспокоенность» (Variant of Concern, VOC). Йота за полгода изучения в список VOC так и не попала.

Весной 2021 года йота в Нью-Йорке и соседних штатах сначала проиграла конкуренцию варианту альфа, который ранее называли «британским» (доля альфы в апреле стала расти, а йоты — уменьшаться).

Варианты альфа и йота имеют схожие эпидемиологические характеристики: они заразнее, чем предшествовавшие им штаммы 2020 года. Оба штамма чуть хуже нейтрализуются плазмой переболевших и вакцинированных в лаборатории. Однако в полевых исследованиях — то есть при изучении реально заразившихся людей — у этих вариантов не обнаружено заметной способности «уходить» от ранее приобретенного иммунитета (хотя отдельные случаи были зарегистрированы). Оба показателя — скорость инфицирования и способность уходить от иммунитета — важны для приспособленности разных вариантов вируса, особенно в том момент, когда они конкурируют друг с другом в одной популяции (именно такая конкуренция наблюдалась в Нью-Йорке и других городах США в марте-апреле). В апреле ученые показали, что альфа существенно превосходит йоту по крайней мере по скорости инфицирования.

В середине весны оба варианта — альфа и йота — были сметены появившейся в США еще более заразной дельтой. Это хорошо видно по данным глобальной базы вариантов вирусов GISAID. В США сейчас на долю йоты приходится 0,1% всех прочитанных геномов коронавирусов. По данным GISAID, относительно высокую долю этот вариант занимает только в Латинской Америке (в частности, в Эквадоре — 14,3% среди геномов, секвенированных за последние четыре недели). Но и там доля йоты снижается, а доля недавно пришедшей на континент дельты стремительно растет.

Весной ученые (из того же департамента здравоохранения Нью-Йорка) сделали предварительный вывод, что йота не отличается от прошлогодних вариантов в смысле тяжести болезни и летальности. Препринт, опубликованный 7 августа, как утверждают его авторы, как раз корректирует этот вывод: как показывает их модель, йота повышает летальность среди пожилых на 60-82% (в зависимости от возраста), но не среди молодых и людей среднего возраста. При этом, согласно исследованию, йота увеличивает летальность в меньшей степени, чем это делает альфа. Сравнения с другими современными вариантами ученые сделать не смогли, поскольку они не были широко распространены в Нью-Йорке в ноябре-апреле, когда были собраны данные для исследования.

Так все-таки йота повышает риск смерти?

Однозначный вывод сделать нельзя: выкладки авторов препринта вполне могут оказаться неточными. Они явно путают два показателя летальности — отношение всех заражений ко всем смертям (истинная летальность, IFR) и отношение выявленных случаев заболевания ко всем смертям (CFR). Они утверждают, что считали именно более объективный показатель IFR, однако, как следует из их методологии, реально учитывались лишь выявленные симптоматические случаи, то есть в модели подсчитывался CFR — как во время первой волны эпидемии в 2020 году (для «старых» вариантов вируса), так и во время второй весной 2021 года (для альфы и йоты). 

Между тем, показатель CFR может давать искаженное представление о свойствах самого инфекционного агента, поскольку сильно зависит от уровня выявляемости заболеваний. В случаях, когда летальность измеряется на разных этапах эпидемии, CFR может сильно меняться в зависимости от того, какой на разных этапах была интенсивность и стратегия тестирования в разных возрастных группах, насколько охотно люди с легкими симптомами обращались к врачам и т. д.

Авторы уже столкнулись со сложностями в интерпретации полученных ими данных: они, например, не смогли объяснить, почему йота увеличивает летальность только среди пожилых, но не среди молодых и людей среднего возраста. Ученые лишь предположили, что все дело в недостатке данных о смертности: умерших среди людей моложе 45 лет было слишком мало для того, чтобы модель показала разницу между штаммами первой и второй волны.